Sauf a dire trop de bêtise, les mots en c/q ont la même racine mais sont passés par des langues différentes :
ex : les deux cuisiniers, coq et maitre-queux, viennent du latin "coquus", ' lui-même lié à 'coquere' (cuire) ; le second en droite ligne et le premier par emprunt au XVIIe siècle au 'kok' néerlandais (l'alors importance de la marine hollandaise explique qu'il ne s'emploie que dans le domaine maritime).
J'imagine que pour les autres, c'est du même tabac (ou tabaq ?)
Autre option, depuis la reconstruction de la langue française à parti de la Pleïade, un grammairien-lexicographe aurait trouvé subtil de proposer deux écritures différentes pour des homonymes aux sens différents pour les mieux différencier... à vérifier, mais là j'ai la flemme.
(en me relisant vite vite, je me dis que deux homonymes ayant le même sens, c'est rare...)